Linux開機自啟動腳本存放在/etc/rc.d或/etc/init.d目錄下。這些目錄是Linux系統中用于存放啟動腳本的標準目錄。具體而言，/etc/rc.d目錄是Red Hat系列發行版使用的目錄，而/etc/init.d目錄是Debian系列發行版使用的目錄。

在這些目錄中，你可以找到各種以.sh或無后綴的腳本文件。這些腳本文件定義了在系統啟動過程中需要執行的命令和任務。

要將腳本設置為開機自啟動，需要在/etc/rc.d或/etc/init.d目錄下創建一個符號鏈接（symbolic link），將腳本鏈接到相應的運行級別（runlevel）目錄中。運行級別目錄通常位于/etc/rc.d/rcX.d或/etc/rcX.d，其中X是運行級別的數字。

運行級別是系統在不同狀態下的操作模式。常見的運行級別包括0（關機）、1（單用戶模式）、2（多用戶模式，沒有網絡服務）、3（多用戶模式，有網絡服務）、5（圖形界面模式）等。

在運行級別目錄中，以字母S或K開頭的腳本文件表示啟動或停止服務。S開頭的腳本文件在相應運行級別啟動時被執行，K開頭的腳本文件在相應運行級別停止時被執行。這些腳本文件的命名規則是Snnname或Knnname，其中nn是一個兩位數字，表示腳本的執行順序，name是腳本的名稱。

例如，如果你的腳本文件是myscript.sh，你可以在/etc/rc.d或/etc/init.d目錄下創建一個符號鏈接來啟動它。假設你希望在運行級別3啟動該腳本，你可以執行以下命令：

ln -s /etc/init.d/myscript.sh /etc/rc.d/rc3.d/S99myscript

這將在/etc/rc.d/rc3.d目錄下創建一個名為S99myscript的符號鏈接，指向/etc/init.d/myscript.sh。當系統進入運行級別3時，S99myscript將被執行，從而啟動你的腳本。

同樣，如果你希望在運行級別3停止該腳本，你可以執行以下命令：

ln -s /etc/init.d/myscript.sh /etc/rc.d/rc3.d/K01myscript

這將在/etc/rc.d/rc3.d目錄下創建一個名為K01myscript的符號鏈接，指向/etc/init.d/myscript.sh。當系統離開運行級別3時，K01myscript將被執行，從而停止你的腳本。

需要注意的是，為了使腳本能夠在系統啟動和關閉時正確執行，你需要確保腳本具有可執行權限。可以使用chmod命令為腳本添加執行權限，例如：

chmod +x /etc/init.d/myscript.sh

這樣，你的腳本就會在Linux系統啟動時自動執行了。